人的胃肠道内寄居着种类繁多的微生物，这些微生物称为肠道菌群。健康成人肠道菌群由超过2000种细菌组成，数量达100万亿个。
这一庞大的微生物群寄居在人的肠道内，分工有序地调节着人体免疫、代谢、神经调节及提供营养、能量，甚至防御各种病原体的侵犯，形成人的“肠道微生态系统”。