公元4世纪，东晋的葛洪在《肘后备急方》中记载将粪便悬液治疗食物中毒或严重腹泻：“饮粪汁一升，即活。”

1596年，明代的李时珍在《本草纲目》中记载用发酵粪便的上清液、新鲜粪汁和儿童粪便来治疗严重腹泻、发热、腹痛、呕吐及便秘。

2013年，美国食品和药品管理局（FDA）规定将肠菌移植纳入研究型新药管理，同时肠菌移植被列入美国临床医学指南，并入选当年美国时代杂志“世界十大医学突破”。截至2020年12月17日，美国临床试验数据库网站https://www.clinicaltrials.gov显示的肠菌移植（FMT）治疗各种疾病的注册临床试验达到了303项。

2013年11月，中央电视台首次对我国成功运用FMT技术成功治疗疾病的案例进行了报道。我国目前已有江苏、安徽、四川、广东、山东、山西、上海、河南等多个省份将FMT作为医疗服务列入医疗收费目录。